故事讲述了一只来自未知星球的超能小萌怪，被一位善良的女孩捡回家。小萌怪因失去记忆，无法返回家乡。女孩欣然收留他，并给他起名“波波”。波波通过使用各种超能力帮助周围的人们解决问题，渐渐成为小镇上受欢迎的宠物。在与女孩共同度过的日子里，他们逐渐建立起深厚的感情。然而，随着时间流逝，外星人察觉到波波仍然在地球上，并派遣特工前往将其带回去。面对生离死别，女孩决定用自己勇敢善良的心灵拯救这个特殊友谊，并成功将波波与外星人重新联系到一起。最终，在经历了重逢、分别和再次相聚之后，“超能小萌怪：永远在一起”的形象深入大众心中。