《博物馆惊魂夜3》讲述了一对年轻情侣和他们的朋友，在一家名为“黑暗科学”的博物馆里参观时，意外发现该博物馆的展品都是由死者制成。随着深入探索，他们遭遇了各种可怕的生化实验和恐怖场景，并被追逐着的神秘人影所困扰。最终，他们揭露出背后隐藏的真相并成功逃脱。