在《蝙蝠侠：蝙蝠女侠之谜》中，哥谭市再次陷入恐慌。一位神秘的犯罪头目出现，将城市陷入混乱与黑暗。同时，一个身手敏捷、聪明绝顶的女侠现身-蝙蝠女侠。她志愿帮助蝙蝠侠揭开犯人真正的意图和身份，二者展开了艰辛却决心坚定的合作。他们穿梭于黑暗中追寻线索,斗智斗勇，在与邪恶势力对抗中逐步显露背后巨大阴谋。最终他们联手打败了敌人，并彼此揭示了各自隐藏已久的秘密身份 - 原来这位神秘头目竟然是失忆多年的布鲁斯·韦恩（Batman/布鲁斯·韦恩）！整个哥谭市为之震惊，而他也重回自己守护城市的岗位上。