《暗杀教室第2季》以神秘生物谜之老师魏玛斯为主线，继续讲述他在高中班级的教学经历。班级成员们面临更加惊心动魄的任务和挑战，如何提高自己的刺杀能力？考验着每位学生。同时，秘密组织“蓝色团队”也逐渐浮出水面，并对学生们构成威胁。在众人努力下，他们慢慢揭开了魏玛斯背后深藏的过去和真相。为了克服种种困难与危机，班级内外展开一场紧张刺激、感人至深的较量，将正邪之争推向高潮！