《Yes! 光之美少女5 GoGo!》的故事发生在前作结尾后。主角们继续保护地球，但新的威胁出现了：一群名为“幻影帝国”的恶势力企图征服世界。同时，光明天使和暗黑天使也加入战斗，并与光之美少女建立联盟。在团结合作下，他们成功打败了幻影帝国并守护了和平。经历过这次战斗后，主角们更加成熟坚强，并决定继续保卫地球上的每一个人。