在第一季的结局，Kazamatsuri被毁灭了。但是，由于某种神秘力量的干涉，城市得以重生。然而，在这个新世界里，许多人失去了他们曾经拥有的记忆和能力，并遭受着不同程度的困惑和痛苦。此时出现了一个名为“Rewrite”的组织，旨在帮助那些受到影响的人回归正常生活。主角天王寺瑚太朗加入该组织并开始展开调查工作，在此过程中发现了更大、更黑暗的阴谋存在……