《PHI·BRAIN 神之谜题 第一季》的剧情简介如下：主角纳兹基在高中生涯中被卷入了一个名为“神之谜题”的游戏中。游戏的目标是解开迷宫和智力挑战，以获得神秘智慧的宝石。为此，他加入了名为Phi Brain团队，并与组员们共同探索各种难题。然而，在寻找智慧的过程中，纳兹基发现自己陷入了一个更深沉的阴谋之中，并且要面对寻求力量背后隐藏着什么真相的问号。