《PHI·BRAIN 神之谜题 第三季》的剧情简介：主角雨宮圭一郎继续挑战各种神秘而危险的智力游戏，与伙伴们共同解决难解之谜。然而，他们逐渐发现了一个更加令人不安的真相——“Phi-Brain”的存在，并意识到这个游戏背后可能隐藏着更为巨大且黑暗的阴谋。在追寻真相和保护自己朋友的过程中，他们面临着前所未有的考验和挑战。同时，圭一郎也面临内心的矛盾与纠结，在每一道困扰重重的谜题中成长并最终揭开了整个故事线索。