《3D肉动漫》讲述了一个被称为“电脑侵入”的神秘事件。一名年轻的程序员接到了一位女子的求助，要他解开某些未知程序所隐藏的信息。在探究过程中，他发现这个程序和一个3D美少女游戏有关联，而这个游戏里面也混杂着类似于诡异事件般的场景。两者之间慢慢地逐渐联系起来，并且意外重复命运之轮上某个人走过来和那时候听到笛声......