简介：在C.E.71年，地球联合国成立，与ZAFT之间的战争愈演愈烈。天才机师基拉·大和被卷入其中，在一次意外中驾驶着神秘的高达机体——"自由高达"出现了。他加入了地球军特殊任务部队“旗舰兵团”，与ZAFT少女艾琳娜等人展开激烈对抗。但随着战斗不断升级，两方势力暴露出更深层次的阴谋计划……