余罪第二季，讲述了余罪和团队继续进行着各种案件的侦破。同时，他们也面临着新的挑战和危机：一名神秘女子的出现、一个黑暗组织的威胁以及内部矛盾等等问题。在这个过程中，余罪也逐渐成长为一位更加成熟、深谋远虑的警察，并且与自己曾经被误解而离开家乡的父亲重新建立了联系。最终，他们成功揭开了黑暗组织背后隐藏的真相，并帮助无辜者洗清冤屈。