在第六季中，共和国与分裂势力的战争愈演愈烈。安纳金从黑暗面回归，并重新加入绝地武士团。同时，奥比万发现了帕尔帕廷的阴谋并试图阻止他。随着克隆人数量增长，他们开始质疑自己的存在价值和真实身份。而最后一场决战即将来临——这个星球大战将会走向何方？