《新哥斯拉》讲述了一群科学家试图控制巨兽哥斯拉，却引发了更大的灾难。为了阻止哥斯拉的破坏，他们必须与其他怪兽展开激烈战斗，并最终发现一个令人震惊的真相——这些怪兽原来都是地球上生存数百年的神秘文明所创造出来的保护机器。在揭示真相后，人类和怪兽们将共同面对着另一个威胁地球安全的敌人。