《相棒剧场版2》讲述了一名重要政府官员遭到人质劫持的故事。警视厅刑警组长冠城亘和他的搭档毛利兰必须追踪并解救被劫持的人质，以阻止恶意计划在日本上演。随着调查的深入，冠城亘渐渐发现与这起案件有关联的是他童年时代失踪的朋友。经过团队合作和揭开多层谎言，两位无间道师徒最终战胜了敌人，并成功保护了人质及整个国家安全。