第9季中，相棒警察组织面临前所未有的挑战。新的敌人威胁到了日本国家安全，而团队内部也存在着信任危机和分歧。在这个紧张的时刻，福山雅治饰演的杉下右京和他的搭档们必须联合起来，在最艰难的情况下保护城市和居民免受危险侵害。但是，当他们接近真相时，他们发现自己处于一个更加复杂、危险、甚至是致命的局面之中……