《萌学园五：异界对决》故事发生在萌学园世界中，主人公们被卷入了一场神秘的异界大战。他们要与各种来自不同异界的强大敌人展开激烈对抗，寻找胜利之路。在这个过程中，主人公们探索着每一个奇妙古怪的异界，并结交新朋友，收集珍贵资源和道具。最终，在经历艰难险阻后，主人公们成功击败了邪恶势力，并保卫了萌学园世界的安全。