《琉璃神社全彩本子库》讲述了一位年轻女孩在神社工作的故事。她和其他员工们，通过各种方式为参拜者提供服务，并解决他们所面临的问题。同时，她也发现了自己内心深处的秘密和感情，在成长中逐渐变得坚强起来。这部漫画描绘了一个充满灵性、友爱与勇气的场景，向读者展示出人类对于信仰、生命以及未知力量探索之旅的美妙与价值。