在明治维新后的日本，浪客剑心离开了他的朋友们，消失于江户城。十年后，他回到江户城并遇见了一位叫做香月杏子的女孩。她是一个卖花女孩，但实际上她是黑暗组织赤之組的成员。为了保护这个脆弱而勇敢的女孩和自己所珍视的人，在这个已经变得混乱不堪、充满罪恶与阴谋纷争的时代里，浪客剑心再次拔刀起舞……