蜡笔小新和同班同学们来到了花之天下春日部学院参观。在校园里，他们发现一些奇怪的事情：有人偷走了校园内的美丽鲜花，还有一个神秘的黑影经常出现。于是小新和朋友们决定展开调查，逐渐揭开了这个谜团背后隐藏的真相，并帮助学校找回失窃的鲜花。同时，在探索过程中，小新也结交了许多好朋友。