《跨次元少女大作战》讲述了一群来自不同次元的少女，为了保护各自的世界而组成特别行动队。她们在跨越时空和维度的冒险中，遭遇了强大敌人和神秘力量，也结交了新朋友并加深彼此间的情感纽带。最后，她们团结一心，在生死关头击败邪恶势力，并守护着各自珍爱的家园。